Existen indicios de presencia de seres humanos antes de la conquista del Imperio Incaico. Se han encontrado petroglifos en los ríos Palotoa-Shinkebenia y Urubamba. En la Cordillera de Pantiacolla, en las cabeceras de Madre de Dios, también se encuentran petroglifos y restos antiguos.

La población nativa surgió hace miles de años con la llegada de los Arahuacos, de donde derivaron muchas etnias, que luego se relacionarían con incas y españoles. Fundada por el Primer Comisario y Delegado Supremo del Gobierno Don Juan S. Villalta, el 10 de Julio de 1902. El nombre es en homenaje al valiente explorador Faustino Maldonado quién recorrió las aguas del río Madre de Dios llegando a grabar su nombre en el tronco de un enorme árbol en la confluencia de los ríos Madre de Dios y Tambopata. Sin embargo, recién en 1985 se oficializó la fecha de fundación.

Reserva de Biosfera del Manu.- EL parque Nacional de Manu, con 1,532 806 Has., es la mayor área natural protegida de su género en el Perú. Junto con la Zona Reservada y la Zona Cultural constituye la llamada Reserva de Biosfera del Manu (reconocida por la UNESCO en 1977). Ubicado en los departamentos de Cusco y Madre de Dios y abarca la totalidad de la cuenca del río Manu.

La visita al Parque Nacional no está permitida. Sin embargo, las adyacentes Zona Reservada y Zona Cultural cuentan con los mismos atractivos y varios albergues para turistas. Las rutas principales parten de la ciudad del Cusco, ya sea vía terrestre (12 hrs. aprox.) hasta Atalaya o Shintuya, luego por vía fluvial (6 hrs. aprox.) a través de los ríos Alto Madre de Dios y Manu, o por vía aérea (30 min. aprox.) hasta la localidad de Boca Manu y luego remontando el río Manu (4 horas aprox.)

Colpa de Gucamayos.- Ubicada en la Zona Tambopata-Candamo, margen izquierda del río Tambopata, a 70 km. de Puerto Maldonado y a 8 hrs. aprox. en bote a motor. Reconocida por su espectacularidad y como la más grande de la amazonía peruana, porque a ella concurren gran número de guacamayos, loros y pericos todas las madrugadas a las 6:00 a.m. efectúan su ceremonia de revoloteo antes de ingerir arcilla en el barranco del río. Luego de 25 a 30 minutos aprox. se retiran para volver al día siguiente.

Parque Nacional Bahuaja-Sonene (Tambopata-Heath) .- Con nombres nativos locales, esta unidad de conservación tiene 320,000 Has. Ubicada en la provincia de Tambopata, a 5 hrs. aprox. Por el río Tambopata en canoa a motor; o 1 día por el río Madre de Dios en canoa a motor. El parque alberga una extraordinaria diversidad de especies de flora y fauna silvestre.

Pampas del Heath.- Ubicado al sureste de Puerto Maldonado, el viaje se puede hacer bajando por el río Madre de Dios hasta el río Heath (4 horas aprox.) de allí surcando el río Heath (1 día). Estas pampas son la única formación vegetal de tipo sabana enclavada en lo profundo de los bosques tropicales del Perú. Son además, refugios de especies únicas de fauna silvestre. En la actualidad, este lugar ha pasado a ser parte del Parque Nacional Bahuaja-Sonene.

Zona Reservada Tambopata Candamo.- Fue creada el 26 de enero de 1990 para proteger los ecosistemas de las áreas bañadas por los ríos Health y Tambopata. A 40 km. de Puerto Maldonado y a 3 hrs. surcando en canoa a motor por el río Tambopata.
Abarca la cuenca del río Tambopata, Malinoswki y La Torre, así como los ríos Tavara y Candamo, por el norte está bordeado por el río Madre de Dios. La gran mayoría del bosque que alberga se encuentra intacto. En la zona sur de la resrva hay poblaciones quechuas y aimara que cultivan café, actividad que recientemente se ha convertido en la más importante.

Tres Cruces.- Es un mirador situado en un desvío de la carretera Paucartambo-Salvación, el acceso por Cusco. Es famoso por el fenómeno del “rayo blanco” que se produce mientras el sol surge en el horizonte, la luz que irradia al atravesar la atmósfera húmeda, se distorsiona como si atravesara un prisma presentando el efecto de tres soles al mismo tiempo, uno de los cuales salta de un lado al otro. Este peculiar bamboleo de la luz solar ocurre durante el amanecer del solsticio de invierno (22 de junio). En cualquier fecha, sin embargo, se aprecian espectaculares amaneceres donde el sol parece emerger de la nubosa selva, la que puede divisarse hacia el este a una distancia superior a los 100 km.

Lago Sandoval.- A la margen derecha del río Madre de Dios a 10 km. de Puerto Maldonado, viajando 25 minutos aprox. en lancha a motor y luego, una caminata por trocha en el bosque de aprox. 1.30 hrs. En el trayecto se disfruta de la variedad de especies vegetales como: orquídeas, platanillos y hugurahuis. En cuanto a fauna silvestre, hay abundancia de patos, nutrias gigantes, caimanes, gallinas salvajes (shansho), tortugas (charapas) y una gran variedad de peces como el paiche.
Existe un sector del Lago en el cual la temperatura oscila entre los 20 y 24ºC, aquí los visitantes pueden gozar de un refrescante baño sin correr ningún peligro. Los paseos en canoas por el lago son conducidos por experimentados canoístas.

Lago Valencia.- A 60 kms. de Puerto Maldonado y a 4 hrs. en lancha a motor, durance el trayecto se observan asentamientos de nativos como los Huaracayos. Existe una variedad de flora y fauna incluso se puede realizar la pesca.

Nota Importante: Para ingresar a la Zona Reservada de Tambopata, al Parque Nacional Bahuaja-Sonene y a las Pampas de Heath, se deberá solicitar autorización de ingreso en las oficinas de la Dirección Sub-Regional Agraria Madre de Dios- INRENA (28 de julio 482, Puerto Maldonado).